De geschiedenis van Groot Hennekeler is er één die honderden jaren teruggaat. Naar de tiende eeuw om precies te zijn. De boerderij behoorde vroeger tot het historische buurtschap Willenhove en was eigendom van het stift Elten; een vrouwenklooster op de Elterberg bij Emmerich. In de zestiende eeuw is de houten boerderij veranderd in een stenen gebouw en werd toen bewoond door Wulf van Hennekeler waar het landgoed haar naam aan dankt. Die naam is afgeleid van de voormalige Puttense buurtschap Henslare, een samenstelling van ‘hengst’ en ‘laar’ (een open weide in het bos waar hengsten grazen). In de volksnaam is deze naam later verbasterd tot Hennekeler. Tot in de zeventiende eeuw hebben vele geslachten Henneclaer/Hennekeler de boederij in leen gehad van het stift Elten.

In de zestiende eeuw wordt naast de houten boerderij een spieker (een graanopslagplaats) gebouwd met daaromheen een gracht. In de loop der tijd is de spieker verfraaid en als woonhuis in gebruik genomen. Dit oudste gebouwdeel is als kelder nog steeds aanwezig onder het huidige gebouw. Zo rond de zeventiende eeuw is de spieker nog verder verfraaid tot een voornaam woonhuis. De huidige zuidwestgevel met het lange muuranker is een restant van dit gebouw.